1999-2014年期間，由中國(guó)地質(zhì)調(diào)查局，會(huì)同省級(jí)人民政府及其國(guó)土資源主管部門(mén)，協(xié)調(diào)全國(guó)77家單位10萬(wàn)多人對(duì)全國(guó)耕地質(zhì)量狀況進(jìn)行了全面調(diào)查。調(diào)查土地總面積150.7萬(wàn)平方公里，其中調(diào)查耕地13.86億畝，占全國(guó)耕地總面積的68%。通過(guò)對(duì)60多萬(wàn)件土、水、生物等樣品的54種元素指標(biāo)進(jìn)行精度測(cè)試，獲得了3000多萬(wàn)個(gè)數(shù)據(jù)，建立了全國(guó)和31省(區(qū)、市)土地的地球化學(xué)動(dòng)態(tài)數(shù)據(jù)庫(kù)，并據(jù)此對(duì)我國(guó)耕地總體狀況形成了初步認(rèn)識(shí)和基本判斷。

調(diào)查顯示，我國(guó)東北區(qū)、閩粵瓊區(qū)、西北區(qū)和青藏區(qū)部分耕地有機(jī)碳含量相比20世紀(jì)80年代呈現(xiàn)明顯下降趨勢(shì)，其中東北區(qū)耕地有機(jī)碳含量下降了21.9%，嚴(yán)重降低了土壤肥力。調(diào)查耕地范圍內(nèi)有29.3%的土壤堿化趨勢(shì)加劇，pH值上升了0.64，主要分布在北方地區(qū);21.6%的耕地酸化嚴(yán)重，pH值降低了0.85，主要分布在重金屬污染問(wèn)題突出的閩粵瓊區(qū)和湘鄂皖贛區(qū)，在降低耕地質(zhì)量的同時(shí)增加了重金屬污染，加大了耕地生態(tài)和地下水質(zhì)量惡化風(fēng)險(xiǎn)。耕地酸堿度降低，土壤板結(jié)，肥力下降，不利于作a物吸收養(yǎng)分。同時(shí)，長(zhǎng)期化學(xué)物質(zhì)投入過(guò)大，對(duì)土壤有機(jī)質(zhì)的形成是不利的。

盡管我國(guó)部分地區(qū)采取了秸稈還田做法，耕地有機(jī)質(zhì)下降的趨勢(shì)有所減緩，但相對(duì)于健康的土壤，有機(jī)質(zhì)含量還是非常低的。除了大量使用化肥和農(nóng)藥，焚燒秸稈、污水灌溉、農(nóng)膜覆蓋、用除草劑除草，造成有機(jī)質(zhì)下降、土壤動(dòng)物和微生物多樣性降低。

健康的土壤中有機(jī)質(zhì)含量。土壤有機(jī)質(zhì)的含量在不同土壤中差異很大，含量高的可達(dá)20%或30%以上(如泥炭土，某些肥沃的森林土壤等)，含量低的不足1%或0.5%(如荒漠土和風(fēng)沙土等)。

在土壤學(xué)中，一般把耕作層中含有機(jī)質(zhì)20%以上的土壤稱(chēng)為有機(jī)質(zhì)土壤，含有機(jī)質(zhì)在20%以下的土壤稱(chēng)為礦質(zhì)土壤。在健康的土壤中，耕作層土壤有機(jī)質(zhì)含量通常在5%以上。